NASIONAL
1. Lembaga Administrasi Negara (LAN)
LAN merupakan salah satu Lembaga Pemerintah Nondepartemen yang didirikan pada tahun 1957 untuk melaksanakan tugas pemerintahan di bidang administrasi negara sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Kantor LAN Pusat berlokasi di Jakarta Pusat dan memiliki 4 Kantor Perwakilan yang disebut PKP2A (Pusat Kajian dan Pendidikan dan Pelatihan Aparatur) masing-masing di Bandung, Makassar, Samarinda, dan Aceh. LAN juga memiliki Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi (STIA) dengan jenjang D3, S1, dan S2 yang terdapat di Jakarta, Bandung, dan Makassar.
Kerja sama yang dilakukan dengan MAP UGM adalah (1) melaksanakan forum akademisi mengenai Arsitektur Pemerintahan Negara, 2014; (2) Pengembangan Jabatan Fungsional Analis Kebijakan, 2015.
2. Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (BAPPENAS)
BAPPENAS adalah lembaga pemerintah non-kementerian Indonesia yang bertugas melaksanakan tugas pemerintahan di bidang perencanaan pembangunan nasional sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Jabatan Kepala Bappenas dijabat oleh Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional yang sejak 27 Oktober 2014 dijabat oleh Andrinof Chaniago.
Kerja sama yang dilakukan dengan MAP UGM adalah (1) Mengirim mahasiswa untuk mengikuti Kelas Khusus BAPPENAS di MAP UGM; (2) Pelaksanaan Diklat Jenjang Fungsional; (3) Pembuatan evaluasi kinerja pemerintah daerah.
3. LSM Kemitraan, Partnership for Govenance Reform
LSM Kemitraan atau Partnership adalah sebuah organisasi multipihak yang bekerja dengan badan-badan pemerintah, organisasi-organisasi internasional dan lembaga swadaya masyarakat untuk memajukan reformasi di tingkat lokal, nasional, dan regional. Kemitraan (Partnership) membangun hubungan penting antara semua tingkat pemerintahan dan masyarakat sipil untuk meningkatkan tata pemerintahan yang baik di Indonesiasecara berkelanjutan. Dalam ranah pembaruan tata pemerintahan di Indonesia, Kemitraan adalah organisasi yang paling high profile. Bahkan dalam komunitas global, Kemitraan dinilai unik karena banyak lembaga internasional yang mendukung pendanaannya terfokus pada isu demokrasi dan pembaruan tata pemerintahan dalam satu negara dan dikelola oleh warga NegaraIndonesia. Pada tahun 2012 Kemitraan (Partnership) mendapatkan Anugerah Manajemen PPM dari PPM Manajemen karena dianggap sebagai salah satu organisasi nirlaba yang berhasil dalam menerapkan good management governance.
Kerja sama yang pernah dilakukan dengan MAP UGM adalah: (1) Penyusunan grand strategy reformasi di DIY, 2005; (2) Penyusunan draft peraturan daerah mengenai transparansi infomrasi dan partisipasi di DIY, 2006; (3) Pembangunan Aparatur Negara 2009-2014, tahun 2008; (4) Peta Jalan Reformasi Birokrasi 2014-2019, tahun 2014; (5) Pendokumentasian Kegiatan E-Procurement di Beberapa Daerah, 2014.
4. Kerjasama Penyusunan RPJMD dan Renstra Kabupaten Waropen
Kabupaten Waropen mempercayakan pendampingan penyusunan RPJMD dan Renstra kepada MAP FISIPOL UGM. Kegiatan pendampingan penyusunan RPJMD dilakukan pada tanggal 25 – 30 Juli 2016. MoU kerjasama telah ditandatangani oleh Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Politik UGM, Dr. Erwan Agus Purwanto, dan Bupati Waropen, Yermias Bisai, SH pada tanggal 21 Maret 2016 lalu.